Wagenhofen gehörte früher zur Marienpfarrei (Hofkirche) in Neuburg und wurde 1591 zur eigenen Pfarrei. Nach einer protestantischen Zeit unter Pfalzgraf Ott-Heinrich und seinen Nachfolgern wurde es 1617 eine katholische Pfarrei.
Die Kirche selbst ist eine frühgotische Chorturmkirche und dem hl. Martin geweiht. 1796 und 1800 wurde die Kirche während der beiden Koalitionskriege von den Franzosen ausgeplündert. Der Hochaltar stammt aus dem 19. Jahrhundert und wurde 1947 umgestaltet. Der Chorstuhl und die Stuhlwangen sind aus dem 17. Jahrhundert.
1937 wurde die Kirche nach Westen erweitert und die Altäre (Nazarener-Stil) verbessert. 1984 wurde die Pfarrkirche innen renoviert und eine Alarmanlage installiert.
1994 bis 1996 erfolgte die Gesamtrenovierung von Dachstuhl über Kirchendecke (Isolierung) bis hin zur Bodenerneuerung und der Instandsetzung der Außenfassade.
(Quelle Text: siehe http://www.rohrenfels.de/kirche/kirche-st-martin.html)