Die Entstehung der Heilig-Geist-Kirche ist ohne Gründung des Bürgerspitals nicht denkbar. 1520 errichtete der Statthalter Adam von Törring die Stiftung und ließ ein Pfründnerhaus mit angrenzender Kapelle bauen. Beim Glaubenswechsel von Pfalzgraf Ottheinrich, er trat zur evangelischen Konfession über, nahm auch die Spitalkapelle an diesem Neuburger Schicksal teil.
Bereits 1592 war die Kapelle so baufällig, dass ein Neubau entstand. Dieses Kirchlein, das Pfalzgraf Philipp Ludwig errichten ließ, wurde 1602 vorsorglich Pfarrkirche, nachdem der Neubau des Kirchturms der Kloster- und Pfarrkirche (später Hofkirche) einstürzte und das Gotteshaus zerstörte. Auch nach der Rekatholisierung durch Pfalzgraf Wolfgang Wilhelm 1614, blieb sie weiterhin Pfarrkirche. 1617 wurde die Kirche vom Weihbischof von Augsburg rekonzilliiert und dem Heiligen Geist geweiht.
Als Pfarrkirche war das Spitalkirchlein bald viel zu klein. 1629 bat der damalige Stadtpfarrer beim Pfalzgrafen Wolfgang Wilhelm um eine Erweiterung. Zunächst geschah nichts. Erst Mitte des 17. Jahrhunderts wurden ein neuer Chor und drei Altäre eingebaut. 1720 bat Pfarrer Johann Mayr um eine gründliche Erneuerung und Erweiterung der Pfarrkirche. Doch war das Gotteshaus so schadhaft und baufällig, dass nur ein Neubau helfen konnte. 1723 wurde der Grundstein gelegt, 1725 stand der Rohbau und die Kirche konnte genutzt werden. 1739 wurde auch der Turm fertig gestellt.
Das Kircheninnere zeigt sich als hohe saalartige Halle, übersichtlich, Licht durchflutet und mit freiem Blick zum Altar. Ein in barocker Pracht ausgeführter Hochaltar füllt den Raum. Das Altarbild entspricht dem Patrozinium der Kirche: Pfingsten, Herabkunft des Gottesgeistes. Dieses Bild ist versenkbar und im Mai durch den Maialtar und an Weihnachten durch eine barocke Krippe ersetzbar.
Die Innenaustattung von Hl. Geist:
Wände und Decke ziert ein reicher und vielgestaltiger Stuck. Seine Formen verkörpern den Übergang vom Spätbarock zum Rokoko. Die Flächen zieren dann Agraffen mit Puttenköpfen, Bandel- und Gitterwerk, Zweigen und Blumengehängen. Ihre besondere Bedeutung gewinnt die Kirche durch die bildhafte Gestaltung der Decke im großartigen Deckenfresko. In der Mitte des Deckengemäldes wird der Heilige Geist in Gestalt der Taube dargestellt, von Engeln umgeben. Das Ausgießen des Geistes wird in den sieben Gaben des Heiligen Geistes und einer jeweils dazu passenden Szene aus dem Leben eines Heiligen veranschaulicht.
Die Kirche wurde von mehreren, teilweise auch unbekannten Künstlern und Handwerkern geschaffen, die ihre Aufgabe gediegen und im Sinne des Spätbarocks gelöst haben. Das Wirken des Heiligen Geistes ist in anschaulicher Weise dargestellt. Im bewegten Stuck, in den lichten Farben und in der ganzen Ausstattung kommt die Freude und Zuversicht durch die im Heiligen Geist vollendete Erlösung in Christus zum Ausdruck. (von Otto Heinrich)